Materia	Carrera	Plan	Año	Periodo
(OPTATIVA LCB 8/13) SISTEMÁTICA, TAXONOMÍA Y FILOGENIA	LIC. EN CIENCIAS BIOLOGCIAS	8/13-CD	2018	2° cuatrimestre
(OPTATIVOS LIC.BIOL.MOL.15/14) SISTEMÁTICA, TAXONOMÍA Y FILOGENIA	LIC. EN BIOLOGIA MOLECULAR	15/14-CD	2018	2° cuatrimestre

Docente	Función	Cargo	Dedicación
VEGA, VERONICA ANALIA	Prof. Responsable	P.Adj Exc	40 Hs
GIORDANO, PAULA GUILLERMINA	Responsable de Práctico	JTP Simp	10 Hs
LAPADULA, WALTER JESUS	Responsable de Práctico	JTP Simp	10 Hs

Este curso se propone como un ámbito para actualizar, desarrollar con mayor profundidad y poder analizar críticamente temas, problemas y métodos específicos sobre Taxonomía, Sistemática y Filogenia de diferentes grupos de organismos. Debido a que estos temas se encuentran dispersos en diferentes cursos obligatorios de la carrera se pretende reunirlos en una asignatura que provea a los alumnos de herramientas básicas y un marco de discusión para la toma de decisiones en taxonomía y sistemática (por ejemplo, descripción e identificación de nuevas especies, problemas de nomenclatura, etc.)

El objetivo general es que el alumno conozca los conceptos teóricos básicos sobre Sistemática y Taxonomía y ponga en práctica métodos para reconstruir hipótesis sobre la diversidad de seres vivos. Se espera que el estudiante reconozca y sea capaz de analizar todos los aspectos a considerar en estudios sistemáticos, el tipo de datos necesarios para construir filogenias válidas y desarrolle criterios para escoger las metodologías adecuadas para cada estudio en particular.

Unidad 1. Problemas y perspectivas de la taxonomía actual.


Tema 1.Taxonomía. Relación de la Taxonomía con otras disciplinas biológicas La problemática de la taxonomía en la actualidad. Tendencias, prioridades y necesidades actuales de la Taxonomía. La información de base como criterio para el desarrollo de otras disciplinas. El conocimiento de la información y herramientas disponibles en las distintas bases de datos (BOLD, NCBI, Tree of life). Crisis actual de la teoría de la clasificación biológica.


Unidad 2. Desarrollo histórico de las ideas taxonómicas.


Tema 2. La clasificación de los seres vivos desde Aristóteles a Linneo. Sistema binomial. Darwin y el desarrollo postdarwiniano de la taxonomía.


Tema 3. Conceptos de taxón y categoría taxonómica. Jerarquía linneana: ventajas y limitaciones. Categorías taxonómicas en Zoología y Botánica. Criterios para establecer Dominios, Reinos y Phyla. El árbol de la vida: La historia de una idea. Los grandes dominios.


Unidad 3. Nomenclatura biológica.


Tema 4. Tipos de nomenclatura. Códigos de nomenclatura de los diferentes organismos: Plantas y hongos, bacterias y animales. Principales diferencias entre los códigos.Nombres de taxones supraespecíficos e infraespecíficos. Acciones nomenclaturales. Principios operativos de la nomenclatura biológica. Sinonimia, homonimia y criterio de prioridad. Ejemplos. Tipificación. Tipos nomenclaturales.


Unidad 4. Sistemas de clasificación.


Tema 5. Sistemas de clasificación. Escuelas de sistemática: fenética, evolutiva y cladística. Postulados y diferencias entre ellas. Principales autores y ejemplos de sus trabajos.


Unidad 5. Fuentes de datos de la taxonomía.


Tema 6. Tipos de caracteres: morfológicos y moleculares. Caracteres discretos y continuos. Tipos de caracteres según su fuente. Estados de carácter. Codificación de caracteres. pesado de caracteres. Apomorfías y Plesiomorfías. Homología (primaria y secundaria), Homoplasia (Paralelismo, convergencia y reversión). Genes ortólogos y parálogos. Exones, intrones y transposones. Genes codificantes, ADN repetitivo y altamente repetitivo. ADN de los cloroplastos (ADNcp), mitocondrial (ADNmt) y ribosomal (ADNr): Importancia como marcadores genéticos a diferentes niveles taxonómicos. Edición y alineación de secuencias génicas. Registro y obtención de secuencias a partir de GenBank. Datos informativos y no informativos, transiciones y transversiones, inserciones y deleciones.


Unidad 6. Conceptos de especie y variación infraespecífica. Delimitación de las especies.


Tema 7. Status ontológico de la especie, conceptos nominalistas y realistas. Aspectos críticos de las definiciones de especie. Diagnosis. Especies y metaespecies. Especies sinmórficas y alomórficas. Categorías infraespecíficas: subespecies, variedades, clinos, razas poliploides. Especies politípicas y polimórficas. Variación intrapoblacional sin significado taxonómico. Discontinuidades morfológicas. Problemas a través del estudio de casos. Dificultades para el reconocimiento de las especies biológicas. Criterios para la delimitación de especies según los conceptos de especie aplicados. Código de barras del ADN.


Unidad 7. Principios y metodología de la reconstrucción filogenética.


Tema 8. Representación de clasificaciones. Fenogramas, dendrogramas, árboles filogenéticos. Diferentes tipos de gráficos. Ramas, nodos, raíces. Grupos terminales. Grupos hermanos. “Crown groups” y “stem groups”. Dicotomías y Politomías. Arboles sin raiz (redes) y árboles enraizados (cladogramas). Grupos monofiléticos, parafiléticos y polifiléticos. Grupos naturales y artificiales.


Tema 9. Metodologías de evaluación de clasificaciones. Taxonomía numérica. OTUs. Métodos de distancia. Cladística. Métodos basados en el criterio de parsimonia. Argumentación hennigiana. Arbol de Wagner. Búsqueda exhaustiva, branch and bound y por permutación de ramas. Críticas a la parsimonia. Atracción de las ramas largas. Métodos probabilísticos: Métodos de máxima verosimilitud (likelihood). Inferencia bayesiana. Ventajas y desventajas de cada método.


Tema 10. Polaridad y enraizamiento.Criterios de optimalidad: Wagner, Fitch, Dollo y Camin-Sokal. Pesado de caracteres. Soporte de grupos: soporte de Bremer, bootstrap y jackknife. Árboles de consenso. Confianza estadística de los árboles. Causas de incongruencia entre árboles. Programas de computación utilizados. Características y comparaciones entre ellos.

CLASES TEÓRICO -PRÁCTICAS
Todas las actividades de las Clases Teórico- Prácticas tendrán la misma metodología: se brindará una charla introductoria sobre cada tema, se planteará un problema, se obtendrá información de textos seleccionados y se hará una lectura organizando la información en forma pertinente. Al final se realizará un debate, en el que se evaluará la participación del alumno (en forma individual) y su comprensión del tema. El objetivo de estas actividades es que el alumno sea capaz de sintetizar conceptos centrales para cada tema y de contextualizarlos.


TRABAJOS PRÁCTICOS
TP Nº1. Caracteres morfológicos y moleculares (Trabajo de aula).
TP Nº2. Construcción de filogenias basadas en caracteres moleculares y caracteres morfológicos (Trabajo de computadora).
TP Nº3. Herramientas bioinformáticas utilizadas en taxonomía.(Trabajo de computadora)


SEMINARIOS
En esta actividad los estudiantes leerán dos o tres artículos científicos, como máximo, de un tema específico y realizarán un análisis de los aspectos teóricos y metodológicos de esa temática. Luego harán una presentación oral del tema, para generar un posterior debate con el resto de la clase. Se evaluará la organización de la presentación, el uso de recursos y la expresión oral.

Promoción sin examen final

La acreditación de los contenidos mínimos requeridos se realizará en tres instancias:
-Realización y aprobación de la totalidad de los trabajos prácticos.
-Exposición de un seminario sobre una de las temáticas del curso, oral.

[1] Contreras-Ramos A., Cuevas Cardona C., Goyenechea I. y Iturbe U.(Ed.). 2007. La sistemática, base del conocimiento de la biodiversidad. Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo.
[2] Eldredge, N. 1997. Síntesis inacabada; jerarquías biológicas y pensamiento evolutivo moderno. Serie Ciencia y tecnología. Fondo de Cultura Económica. 284 pags.
[3] Goloboff,P. 1998. Principios básicos de cladística. Sociedad Argentina de Botánica. Buenos Aires. 81 pags.
[4] Hennig, W. 1962. Sistemática Filogenética. Eudeba. Buenos Aires.
[5] Morrone, J.J. 2013. Sistemática. Fundamentos, métodos, aplicaciones. (1º edic.)México. UNAM. 508 pags.
[6] Lanteri, A.A. y Cigliano, M.M. 2006. Sistemática Biológica: fundamentos teóricos y ejercitaciones. (6º edic.). EDULP, La Plata.
[7] Scrochii G. Y E. Domínguez. 1992. Introducción a las escuelas de sistemática y Biogeografía. Opera Lilloana 40. Fundación Miguel Lillo, Tucumán. 120 pags.
[8] Vargas P. Y Zardoya R. (Eds). 2012. El árbol de la vida: sistemática y evolución de los seres vivos. Madrid.

[1] Benton, M. 2000. Stems, nodes, crown clades, and rank free lists: is Linneaeus dead? Biol. Rev. 75: 633-648.
[2] Collins, J. 1984. Cladistic Analysis. Special publication No. 12.University of Kansas,Museum of Natural History. 92 pags.
[3] Crisci, J. 2006. One dimensional systematist: perils in a time of steady progress. Syst. Bot. 31(1): 217-221.
[4] Farris,J. 1986. Ontheboundaries of phylogeneticsystematics. Cladistics 2 (1): 14-27.
[5] Gauthier, Kluge y Rowe. 1988. Amniote phylogeny and the importante of fossils. Cladistics 4: 105-209.
[6] Godfray, H.C.J.2002. Challengesfortaxonomy. Nature 417: 17-19.
[7] Harlin, M. 2003. Taxon names as paradigms: the structure of nomenclatural revolutions. Cladistics 19:138-143
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[9] Hull, D. 2001. The role of theories in Biological Systematics. Stud. Hist. Philos. & Biomedical Sciences. Vol. 32No.2: 221-238.
[10] Lanteri A. A. 2007. Código de barras del ADN y sus posibles aplicaciones en el campo de la Entomología. Re. Soc. Entomol. Argent. 66 (3-4): 15-25.
[11] Maddison, Donoghue y Maddison .1984. On outgroupanálisis and parsimony. Syst. Zool. 33: 83-103.
[12] Mallet, J. y Willmott, K. 2003. Taxonomy: renaissance or Tower of Babel?. Trends in Ecology and Evolution, Vol. 18 (2): 57-59.
[13] Nixon K. y Carpenter, J.M. 1993. On outgroups. Cladistics 9: 413-426.
[14] Ruggiero MA, Gordon DP, Orrell TM, BaillyN, Bourgoin T, Brusca RC, et al. (2015) A Higher Level Classification of All Living Organisms.PLoS ONE 10(4): e0119248.
[15] Sober, E. 1986. Parsimony and carácter weighting. Cladistics 2 (1): 28-42.
[16] Thomson, E. A. 1986. Likelihood and parsimony: comparisons of criteria and solutions. Cladistics 2 (1): 43-52.
[17] Wiley, E.O., D. Siegel-Causey, D. Brooks y V. Funk.1991. The complete Cladist. A primer of phylogenetic procedures. Special publication No. 19. University of Kansas, Museum of Natural History. 158 pags.

Este curso se propone como un ámbito para actualizar, desarrollar con mayor profundidad y poder analizar críticamente temas, problemas y métodos específicos sobre Taxonomía, Sistemática y Filogenia de diferentes grupos de organismos.

Unidad 1. Problemas y perspectivas de la taxonomía actual.
Tema 1. La problemática de la taxonomía en la actualidad. Crisis actual de la teoría de la clasificación biológica.


Unidad 2. Desarrollo histórico de las ideas taxonómicas.
Tema 2. La clasificación de los seres vivos desde Aristóteles a Linneo. Desarrollo postdarwiniano de la taxonomía.

Tema 3. Conceptos de taxón y categoría taxonómica.Categorías taxonómicas en Zoología y Botánica. El árbol de la vida: La historia de una idea. Los grandes dominios.


Unidad 3. Nomenclatura biológica.
Tema 4. Tipos de nomenclatura. Códigos de nomenclatura de los diferentes organismos.

Unidad 4. Sistemas de clasificación.
Tema 5. Sistemas de clasificación. Escuelas de sistemática: fenética, evolutiva y cladística.

Unidad 5. Fuentes de datos de la taxonomía.
Tema 6. Tipos de caracteres: morfológicos y moleculares. Apomorfías, Plesiomorfías, Homología, Homoplasia. Marcadores genéticos para diferentes niveles taxonómicos.

Unidad 6. Conceptos de especie y variación infraespecífica. Delimitación de las especies
Tema 7. Aspectos críticos de las definiciones de especie. Diagnosis. Dificultades para el reconocimiento de las especies biológicas. Criterios para la delimitación de especies según los conceptos de especie aplicados.


Unidad 7. Principios y metodología de la reconstrucción filogenética.
Tema 8. Representación de clasificaciones. Fenogramas, dendrogramas, árboles filogenéticos.

Tema 9. Metodologías de evaluación de clasificaciones. Taxonomía numérica. Cladística.

Tema 10.Polaridad y enraizamiento. Métodos de optimización.